Como Newton se tomaba muy en serio sus creencias y no quería que le tomaran por un chiflado, se tomo la molestia de demostrar que el Antiguo Testamento es una historia exacta y precisa elaborando una cronología de la historia del mundo basada en datos astronómicos como los eclipses y los movimientos de las estrellas, y leyendas como la de Jasón y los Argonautas, qué él consideraba auténtica.
Es decir, que con mucho ingenio y paciencia, finalmente consiguió armonizar la historia bíblica con las historias laicas del mundo antiguo. O algo parecido. Un esfuerzo intelectual inmenso que, de haberse reconducido de otro modo, quién sabe qué aportaciones científicas hubiera generado.
Por esa razón, en las biografías se menciona poco o nada de todos esos años en los que Newton despilfarró su genio. Por ejemplo, en la undécima edición de la Encyclopaedia Britannica, sólo se dedica un breve párrafo a sus estudios bíblicos. Pero en la decimocuarta edición, ni siquiera se menciona.
Newton, por el contrario, opinaba que sus estudios sobre las profecías bíblicas eran más importantes que sus descubrimientos sobre Física, a los que consideraba poco más que entretenimientos juveniles. Así lo expresaba él mismo cuando se comparaba con:
un niño que juega en la playa y se distrae encontrando de vez en cuando un canto más pulido o una concha más bonita de lo normal, mientras el gran océano de la verdad se extiende ante mí sin ser descubierto.
A nivel personal, por aquí ya hemos comentado que Newton era un poco rarito con el sexo, pero a su supuesta virginidad había que sumarle que parecía siempre sumido en una extraña melancolía. Aunque a veces sonreía, jamás reía. Algunos analistas freudianos han conjeturado que Newton fue un homosexual reprimido, aportando como prueba las fascinación que Newton sintió hacia un excéntrico discípulo suizo 20 años más joven que él: Nicolás Fatio de Duillier.
Gale Christianson, en su biografía de Newton In the Presence ofthe Creator (1984), indica:
Por otra parte, su correspondencia (con sus encendidos halagos, la mutua nostalgia por la separación y los melancólicos cambios de ánimo) contiene insistentes sugerencias de un idilio malogrado.