A pesar de que se ha enseñado en muchos colegios, el Gran Incendio que azotó Londres en 1666 no fue el motivo de que se pusiera fin a la Gran Peste de 1665-1666. De hecho, aún no se sabe la razón de que la Gran Peste remitiera.
La peste llegó probablemente a principios de 1665 a bordo de los barcos que transportaban algodón de Ámsterdam. Y en la última semana de febrero de 1666, solo se informó de 42 muertes debida a la peste en Londres, en comparación con las más de 8.000 semanales de septiembre de 1665. El cómputo total de muertes fue de unas 100.000 personas. El 20 % de la población de Londres.
Sin embargo, la peste ya había terminado antes del Gran Incendio de septiembre.
Además, las zonas arrasadas de Londres por el incendio, donde el fuego destruyó el 80 % de las propiedades, no habían sido áreas especialmente afectadas, a diferencia de los suburbios al norte, al sur y al este.
Es probable que la remisión de la peste fuera espontánea, porque la tasa de mortalidad era tan elevada que no tenía forma de seguir contagiando (los huéspedes ya estaba muertos y localizados en un sitio). Es uno de los motivos por los cuales, por ejemplo, el virus del Ébola no se ha cobrado más víctimas en África.
John Lloyd en El nuevo pequeño gran libro de la ignorancia aporta otra hipótesis:
Otro posible motivo de la desaparición de la peste en Londres es que el antiguo método de precintar las casas con víctimas conocidas se aplicó de una forma mucho más estricta. Las puertas se sellaron desde el exterior durante veintiocho días, y fueron vigiladas por guardias.
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