Seguramente, el microscopio óptico sigue siendo, hoy en día, la principal herramienta para la investigación citológica.
Desde los primeros microscopios hasta los actuales, el microscopio óptico ha conocido muchas configuraciones distintas, perfeccionándose hasta permitir, en nuestros tiempos, una gran variedad de aplicaciones adicionales.
Curiosamente, cuando se investigan los orígenes del microscopio, a pesar de la excelencia de dicho instrumento, no se encuentran respuestas definitivas, siendo muy díficil atribuir la invención del microscopio a una sóla persona.
En general, suele atribuirse la paternidad del microscopio simple a Anton Van Leeuwenhoek (1632-1723), un comerciante holandés sin apenas estudios. Van Leeuwenhoeck construyó muchos microscopios a lo largo de su vida, que, según cuentan, no prestó nunca a nadie. Son conocidos sus descubrimientos pioneros sobre los protozoos, los glóbulos rojos, el sistema de capilares y los ciclos vitales de los insectos.
Desde un punto de vista tecnológico, parece lógico pensar que los microscopios compuestos, con dos lentes, habrían evolucionado a partir de los microscopios simples, con una sola lente, como los construidos por Van Leeuwenhoek. Sin embargo, históricamente se conocen microscopos compuestos desarrollados en épocas anteriores a Van Leeuwenhoek.
Algunas fuentes, atribuyen a Galileo Galilei (1564-1642) la invención del primer microscopio compuesto, el "occhiolino", presentado al rey de Polonia, Segismundo III, en 1612. Galileo Galilei se preocupó por dar un primer impulso a la difusión del microscopio; a pesar de ello, parece probado que no fue él quien lo inventó.
Algunos autores, reivindican la invención del microscopio compuesto, en 1590, por parte de los holandeses Zacharias Janssen (1588-1638) y su padre Hans Janssen, fabricantes de anteojos.
Según un relato, con aires de leyenda, Zacarias Janssen descubrió el microscopio en su infancia, mientras jugaba con otro niño con lentes dañadas en el taller del astrónomo e inventor alemán Hans Lippershey (1570-1619). Sosteniendo dos lentes ante sus ojos en dirección a la veleta de la iglesia local, vieron como ésta parecía acercarse.
Precisamente, Lippershey, es otro de los nombres que se barajan entre los posibles inventores del microscopio compuesto, de quien se dice que vió en el juguete de los niños, un útil instrumento para hacer dinero, bautizándolo como "tubo óptico". El diplomático holandés William Boreel, testificaría poco después que Lippershey había robado la idea del instrumento a Zacharias Janssen, cuando éste tenía sólo 2 años de edad.
Finalmente, otro de los supuestos inventores podría ser el médico holandés Cornelius Drebbel (1572-1633), a quien también se relaciona con la invención del primer submarino.
El término "microscopio" fue creado por el italiano Giovanni Faber de Bamberg (1574-1629), miembro de la Academia de los Linces (una de las primeras academias científicas del mundo), en analogía con el ya conocido telescopio.
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